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这是描述信息

甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)

项目介绍
参数
常见问题
应用案例

 

甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-seq)

 

甲基化DNA免疫沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq),

采用甲基化DNA免疫共沉淀技术,通过5'-甲基胞嘧啶(5mC)抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段测序,

可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究,

是分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的技术。

 

用心服务每一个项目

艾斯团队专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案;

最早开发MeDIP-seq技术团队之一, 严格的内参质控;

已经完成人、小鼠、大鼠、猪等多个物种MeDIP-seq项目经验;

核心团队在Nature communications, Genome biology等杂志发表多篇SCI论文;

专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

 

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

 

样本类型和要求

样本类型

样本要求

基因组DNA

总量≥ 3ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

细胞、全血、动植物组织等

按照送样要求准备

备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

 
 

数据分析

MeDIP

分析内容

备注

标准分析

1、测序数据质量评估

过滤掉低质量数据,保证数据质量

2、与参考基因组比对

测序Reads 在基因组上的分布

3、Peak峰Calling

甲基化DNA富集区域鉴定

4、Peak图谱分析

Peak在基因组,染色体,功能元件上的分布

6、组间差异Peak分析

寻找DMR及注释

7、差异Peak基因分析

相关基因GO,KEGG富集分析

高级分析

8、多组学整合关联分析

例如与转录组关联分析

9、其它定制化分析

结合课题背景亮点挖掘

 

 

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案例分析:同卵双胞胎2型糖尿病易感基因的表观基因组关联分析(团队成员发表)

An integrated epigenomic analysis for type 2 diabetes susceptibility loci in monozygotic twins. Nature communications. 2014; 5: 5719.

一、研究背景

2型糖尿病(T2D)是一种高度异质性疾病,通过遗传易感性和环境的结合引起。全基因组关联研究(GWAS)已经鉴定出至少65个T2D位点,但这仅解释了T2D疾病易感性的6%。T2D的变异也可能部分通过表观遗传效应来解释,比如DNA甲基化。

二、方法流程

取材:27对同卵双胞胎的全血:T2D-discordant (n=17), T2D-concordant (n=3), 对照组non-T2D group (n=7)

测序:甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-Seq)

验证:450K芯片:差异甲基化基因

三、研究结果

1、在这项研究中,对27对同卵双胞胎的全血DNA进行了MeDIP-Seq,发现了大量的与2型糖尿病相关基因的差异甲基化区域(DMR),并在随后的另外一批大量样本(42个T2D和221正常对照)的研究中得到了进一步的验证;

2、其中MALT1基因启动子区的甲基化变化,与血液中牛磺胆酸水平的变化直接相关,并涉及到胰岛素和血糖代谢相关的信号通路;

3、DNA甲基化组与T2D相关临床数据的分析结果表明了差异DNA甲基化区域在T2D易感性基因上的相对富集。

四、研究结论

总之,综合基因组学和表观基因组学的方法,加上同卵双胎的病理模型,我们很好地解释T2D等其他复杂性状疾病的致病原因,并发现潜在的药物靶标和生物标记物。

 

 

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